Lebensmittelverarbeitende Betriebe gestalten den Stichprobenplan meist risikobasiert, d.h. auf Grundlage der betriebsspezifischen Gefahrenanalyse. Ein Stichprobenplan sollte stets individuell auf die Situation bzw. Produktion und Produkte eines Betriebes, welcher Lebensmittel in den Verkehr bringt, abgestimmt sein. Anhand dieses Probenplans können Rohstoffe, Produkte aus der Produktion, sowie fertige Speisen ausgewählt und zur mikrobiologischen Analyse ins Labor geschickt werden.
Grundsätzlich unterscheidet man bei den Untersuchungsparametern und der Bewertung der Ergebnisse zwischen Lebensmittelsicherheitskriterien und Prozesshygienekriterien.
Der wichtigste Unterschied besteht in den Massnahmen, die bei Überschreitung der festgelegten Grenz- oder Warnwerte durch den Lebensmittelproduzenten zu ergreifen sind. Bei Überschreitung eines Lebensmittelsicherheitskriterium ist das Produkt in der vorliegenden Form nicht verkehrsfähig und muss daher durch den Lebensmittelbetrieb vom Markt genommen werden. Hat das Produkt den Endkonsumenten bereits erreicht, ist ein Rückruf erforderlich. Zu den Lebensmittelsicherheitskriterien zählen beispielsweise Keime und Toxine oder andere Stoffe die allesamt als pathogen eingestuft werden.
Bei Überschreitung eines Prozesshygienekriteriums ist das Produkt nicht zwingend eingeschränkt verkehrsfähig. Der Lebensmittelproduzent ist im Rahmen seiner Verantwortung grundsätzlich dazu verpflichtet, mikrobiologische Ergebnisse im Hinblick auf die beabsichtigte Verwendung des Lebensmittels zu bewerten und entsprechende Massnahmen zu ergreifen, falls erforderlich, doch eine generelle Forderung der Verkehrsbeschränkung gibt es auch seitens der EU-Gesetzgebung nicht.
Beim Prozesshygienekriterium handelt es sich vielmehr um eine Bewertung der Prozesshygiene und daher sind Massnahmen zur Verbesserung der Produktionshygiene erforderlich und eine Überprüfung der „Prozesskontrolle“ im Sinne der Prozesssteuerung.
